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| 1959年 | 日本郵船、大阪商船、商船三井による貨物専門航空会社設立構想 | |||
| 1970年 | 日本郵船などが国際貨物分野への参入を研究していた全日本空輸、川崎汽船、山下新日本汽船、日本通運らのグループと合流 | |||
| 1978年 | 9月27日 | 日本貨物航空㈱設立（川崎汽船㈱、日本郵船㈱、山下新日本汽船㈱、大阪商船三井船舶㈱、全日本空輸㈱の５社が出資） | ||
| 1983年 | 6月13日 | 日本貨物航空に免許 | ||
| 1984年 | 12月17日 | 初号機ボーイング747-200Fをボーイング社より受領 | ||
| 1985年 | 4月1日 | ★就航計画日であったが日米航空交渉が合意に至らず就航を延期 | ||
| 5月8日 | 米国 | 成田－サンフランシスコ－ニューヨーク線開設（予定より50日遅れ） | ||
| 1986年 | 香港 | 香港に就航 | ||
| 1987年 | 10月5日 | シンガポール | 日本貨物航空、東京－シンガポール線就航（Ｂ747） | 毎日870930 |
| 1988年 | 6月7日 | オランダ | 日本貨物航空、東京－アムステルダム線就航 | 毎日880308 |
| 1989年 | タイ | バンコクに就航 | ||
| 1990年 | 韓国 | ソウルに就航 | ||
| 1991年 | 米国 | シカゴ、ロサンゼルスに就航 | ||
| 1993年 | イタリア | ミラノに就航 | ||
| 1995年 | 11月8日 | 米国 | 成田－関西－シカゴ－ニューヨーク－関西－成田線就航 | |
| 日本郵船、全日空が出資比率を引き上げ、両者が経営を主導 | ||||
| 1996年 | 10月7日 | フィリピン | 成田－マニラ－シンガポール－マニラ－成田線就航 | |
| 1997年 | 6月7日 | 米国 | 成田－関西－アンカレジ－サンフランシスコ－ロサンゼルス－アンカレジ－成田線就航 | |
| 7月1日 | 米国 | ダラス営業所開設 | ||
| 9月12日 | マレーシア | 関西－マニラ－クアラルンプール－マニラ－関西線就航 | ||
| 9月19日 | オランダ | 関西－アンカレジ－アムステルダム－アンカレジ－関西線就航 | ||
| 1998年 | 3月10日 | 米国 | 成田－関西－アンカレッジ－サンフランシスコ－ポートランド－サンフランシスコ－アンカレジ－関西、成田－サンフランシスコ－ロサンゼルス－サンフランシスコ－ポートランド－アンカレジ－成田線就航 | |
| 9月8日 | 英国 | 成田－アムステルダム－ロンドン（スタンテッド空港）－アムステルダム－アンカレジ－成田線就航 | ||
| 10月27日 | 中国 | 関西－上海－成田線就航 | ||
| 1999年 | 1月16日 | 米国 | ノースウエスト航空と成田・関西－シカゴ線でコードシェア開始（→2000年8月31日終了） | |
| 5月1日 | 韓国 | 成田－ソウル－関西線就航 | ||
| 2000年 | 9月24日 | ドイツ | 関西－アンカレジ－フランクフルト－ミラノ－アンカレジ－関西線就航 | |
| 2002年 | 3月31日 | 米国 | ▲ポートランド線休止 | |
| 3月31日 | 米国 | ▲ダラス営業所閉鎖 | ||
| 2004年 | 10月31日 | 中国 | 中国国際航空と共同運航開始 | |
| 2005年 | 2月17日 | 愛知県 | 中部国際空港に初就航 | |
| 6月15日 | ボーイング747-400F初号機をボーイング社より受領、欧州線に投入 | |||
| 8月5日 | 日本郵船が全日空所有の株式を取得、連結子会社化 | |||
| 2006年 | 3月1日 | シベリア上空通過ルートによる欧州－日本直行便運航開始 | ||
| 2007年 | 10月 | 千葉県 | 成田空港内に運航管理部門の拠点となるグローバルオペレーションセンター (GOC) を開設 | |
| 2008年 | 3月28日 | ▲ボーイング747-200Fが退役、ボーイング747-400Fに統一 | ||
| 2009年 | 7月13日 | 東京都 | ★2010年10月の羽田空港再拡張（D滑走路供用開始と定期 国際便の就航）時に羽田空港への就航を見送ることを決定 | |
| 2010年 | 3月2日 | ★日本航空の航空貨物部門との統合を断念 | ||
| 2011年 | 2月20日 | 台湾 | 成田－台北（桃園）線運航開始 | |
| 2012年 | 8月2日 | 日本貨物航空、Ｂ748-8F初号機が成田空港に到着（7月28日到着予定が延期） | 日経110821 | |
| 9月15日 | ドイツ | 日本貨物航空、フランクフルト・ハーン空港就航 | ||
| 11月5日 | 米国 | 成田－ダラス・フォートワース線就航 | ||
| 2013年 | 5月11日 | 福岡県 | 成田－ソウル仁川線の復路便において北九州に寄港開始 | |
| 11月21日 | 福岡県 | 成田－台北桃園線の復路便において北九州に寄港開始 | ||
| 2014年 | 7月20日 | 千葉県 | 成田空港第2旅客ターミナルに隣接したカプセルホテル開業（129床、日本貨物航空オペレーションセンター跡） | |
| 2017年 | 3月 | 米国 | 日本貨物航空が貨物航空会社米アトラスエアとコードシェア開始 | |
| 2018年 | 2月26日 | 日本貨物航空がANAと戦略的業務提携について合意 | ||
| 3月6日 | ルクセンブルグ | 日本貨物航空がカーゴルックス航空と成田-ルクセンブルク線のコードシェア提携で合意 | ||
| 6月16日 | ★日本貨物航空が航空機の整備記録に事実と異なる記載が見つかったことから全ての便を一時的に停止すると発表 | 日経180616・180617 | ||
| 7月20日 | ★国土交通省が日本貨物航空に改善命令 | 読売180721 | ||
| 2019年 | 2月 | ▲ボーイング747-400Fが退役、ボーイング747-8Fに統一 | ||
| 2020年 | 3月23日 | ★日本貨物航空の外国籍のパイロット3人が新型コロナウイルスに感染したと発表 | ||
| 2022年 | 2月11日 | 千葉県 | ★日本貨物航空B747-8Fが成田空港で重さ60ｋｇの左主翼カバーを落下 | |
| 2023年 | 3月7日 | ＡＮＡホールディングスが日本貨物航空（ＮＣＡ）の全株式を日本郵船から取得する基本合意を締結 | 日経230308 | |
| 7月10日 | ＡＮＡホールディングスが日本貨物航空を株式交換で買収すると発表 | 日経230711 |